Het afweersysteem beschermt het lichaam tegen het binnendringen van bacteriën, virussen, schimmels en parasieten. Een andere naam voor het afweersysteem is het immuunsysteem. Naast bovengenoemde taak, is het afweersysteem van levensbelang om zieke lichaamscellen in een vroeg stadium op te ruimen, bijvoorbeeld kankercellen. Het afweersysteem bestaat uit twee afzonderlijke delen: het aangeboren afweersysteem en het verworven afweersysteem. De aangeboren immuniteit ruimt snel verschillende pathogenen op, maar is minder specifiek gericht op pathogenen waar we later in ons leven mee worden geconfronteerd. De verworven immuniteit komt langzamer op gang, maar kan wel deze ‘nieuwe pathogenen effectief bestrijden. Het lichaam is hierna in de meeste gevallen langdurig beschermd tegen deze pathogenen.
Dit orgaansysteem omvat de fysiologie, pathofysiologie, klinische implicaties, behandeling en beleid rondom aandoeningen van het afweersysteem. Bij het klinisch redeneren rondom dit stelsel geven we onder meer de termen aangeboren en verworven immuniteit, cellulair, humoraal, leukocyten (met hierbij de functionele onderverdeling) en vaccinatie een centrale plek.